Tanto MyISAM como InnoDB son dos tecnologías de almacenamiento de datos utilizadas por MySQL. Ambas tienen sus pros y sus contras, como vamos a ver a continuación.
MyISAM, basada en el formato ISAM, tiene como principal ventaja frente a InnoDB la gran velocidad en las consultas, ya que no debe realizar comprobaciones de integridad ni bloquear tablas, debido a la ausencia de atomicidad.
Por el lado contrario, InnoDB tiene un buen número de ventajas con respecto a MyISAM, de hecho en las últimas versiones de MySQL se utiliza InnoDB como formato de tabla estándar. Y entre las ventajas de InnoDB frente a MyISAM tenemos el soporte para transacciones tipo ACID (Atomicity Consistency Isolation Durability), el bloqueo de registros y la integridad referencial.
No obstante, según el uso que vayamos a hacer, MyISAM puede ser una elección más eficiente que InnoDB en rapidez de ejecución.
Como vemos, ambas tecnologías de almacenamiento tienen sus ventajas y sus desventajas, la una respecto de la otra, y sólo nos queda a nosotros decidirnos por una de ellas, en función de lo que mejor se adapte a nuestras necesidades concretas.